在半柔性对接中，配体的构象允许发生一定变化。在柔性对接中，受体和配体构象均可发生变化。 打开薛定谔软件中的Induced Fit Docking模块做柔性对接，格点文件会自动生成，此处省去配体准备，以1IEP为例。
柔性对接一般用于精确考虑分子间的识别情况。由于计算过程中体系的构象可以变化，所以计算耗费最大。相比半柔性对接，Nilotinib配体的对接打分在柔性对接中偏高。
